江都水利枢纽工程由江都抽水站及其配套工程组成，江都抽水站由4座大型电力抽水站组成, 一站兴建于1961年12月，竣工于1963年3月；二站于1963年7月开工，竣工于1964年8月；三站于1966年12月开工，竣工于1969年10月；四站于1973年11月开工，竣工于1977年3月。至此，历时17年，江都抽水站建成。该工程共安装大型立式轴流泵机组33台套，总装机容量为49800千瓦，总抽水能力为473立方米每秒。1994年至1996年、1997年至1999年一站、二站，2006年至2009年、2008年至2010年三站、四站先后进行了更新改造，使得江都抽水站在总装机台数不变的情况下，容量扩大到55800千瓦，在机组净扬程有所增加的情况下总抽水能力达到508.2 立方米每秒。

江都抽水站工程规模大，建设周期长，是在国民经济持续发展和机电设备制造技术不断提高的基础上逐步建设成功的。江都抽水站是中华人民共和国成立后国内第一座自行设计、自行制造、自行安装的大型抽水站。随着工程建设规模的不断扩大，水泵叶轮直径从1.54米、流量8 立方米每秒发展到叶轮直径3.1米、流量30 立方米每秒，配套电动机功率从800千瓦发展到3000千瓦，推动和验证了我国对大型电动机、大型水泵研发制造技术的发展，为培养大批泵站建设、管理人才打下了坚实的基础。

江都水利枢纽的配套工程由江都西闸、江都东闸、江都送水闸、宜陵闸、宜陵北闸、芒稻闸、运盐闸、邵仙闸洞、土山坝涵洞、宜陵地下涵洞等10座涵闸；五里窑船闸、宜陵船闸、邵仙套闸等3座船闸和新通扬运河、高水河、三阳河等3条河道组成。

江都水利枢纽利用1958年开挖的新通扬运河作为向里下河地区自流引长江水灌溉的输水河道。为了兼顾防洪、灌溉、排涝、航运，1963年在新通扬运河河口以东500米处建成了江都西闸，利用1958年建造的江都闸，作为引江水或排里下河涝水的控制工程，1978年建成江都东闸、江都送水闸，拆除江都闸；1963年1月至1964年5月，开挖和利用归江河道芒稻河、运盐河及1953年开挖修建的邵仙河的部分河段修筑成高水河，作为江都抽水站向北送水的输水干渠；在高水河与芒稻河、运盐河、邵仙河等交叉交汇处建造了配套控制工程，1964年建造高水河与芒稻河交叉控制工程——芒稻闸，1964-1965年在高水河与运盐河、邵仙河的交汇处建造了运盐闸、邵仙闸洞，使北送的江水与邵伯湖分开，并用邵仙闸下部的涵洞引邵伯湖水入通扬运河；1999年，为解决高水河邵仙闸通航安全问题修建邵仙套闸；为解决通扬运河引淮河高水和新通扬运河引江、排涝低水的矛盾，1963-1965年建成宜陵闸、五里窑船闸、宜陵船闸，1980年建成了宜陵地下涵洞，从而完成了新通扬运河、通扬运河交叉控制工程；1975年又建成新通扬运河与三阳河交叉控制工程宜陵北闸。伴随配套工程的全面建成，不断拓展江都水利枢纽综合功能，与淮河归江控制工程万福闸、金湾闸、太平闸承担起万里长江由此北上，千里淮河由此入江的重任。