变电所始建于1961年，1963年建成，后因装机容量增加，变电所也随之进行扩建。工程原建于江都一站、二站之间，2007～2009年南水北调东线一期江都站改造工程中易地迁建至江都二站、三站之间。

变电所常年担负着泵站及处办公、生活区转供电任务。工程的转供电执行处防办指令，同时严格执行扬州供电公司区调、江都区供电公司区调调度。

变电所根据处创建工作统一部署，对机电设备、土建设施进行全面维护保养，对建筑物进行防水处理；对各类标识、标牌、警示标志进行完善；对日常管理记录和表式进行规范整改；对技术图表进行更新；对电气设备统一编码；建立了主要设备、消防器材二维码查询系统；修订技术管理细则、管理规章制度；编制工程检查与评级、检修作业、运行作业等典型工作作业指导手册；同时，对物料库房和资料室进行改造提升；对GIS设备进行油漆防腐；更换了主变室防爆灯具；新建了处标准化机房。

变电所建有江都水利枢纽集中调度控制中心和数据中心，实现枢纽的统一调度控制，各类运行信息统一存储、查询，并可将相关数据上传至水利厅、南水北调东线数据中心，将各类信息分类发布。